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尿道下裂是先天畸形，發(fā)病原因不明。患兒先天性畸形發(fā)育過(guò)程主要與內(nèi)分泌系統(tǒng)有關(guān)，男孩、女孩發(fā)育不同。男童陰莖發(fā)育需要雄激素，正常兒童的內(nèi)分泌系統(tǒng)包括大腦下丘腦、垂體以及雄性激素下的內(nèi)分泌軸，如果這個(gè)系統(tǒng)出現(xiàn)問(wèn)題，會(huì)影響陰莖的發(fā)育。

如果胚胎在媽媽肚子里，胚胎發(fā)育的微環(huán)境對(duì)其也有影響，比如媽媽用雌激素類藥物。如果尿道下裂的患兒基因有問(wèn)題，某些基因位點(diǎn)跟尿道下裂也有關(guān)系。