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隱球菌腦膜炎的致病菌是隱球菌，隱球菌屬有30多種，主要致病菌是格特隱球菌和新型隱球菌。隱球菌分布很廣泛，如泥土、鳥的糞便，尤其是鴿子的糞便中有大量隱球菌存在。

當(dāng)隱球菌吸入之后會沉淀于肺泡中，但是由于肺泡有吞噬細(xì)胞，有機(jī)體免疫功能，僅導(dǎo)致比較輕微的臨床癥狀。而當(dāng)免疫功能低下的時候，隱球菌可能通過血源播散到全身。隱球菌最易侵犯中樞神經(jīng)系統(tǒng)，最終容易導(dǎo)致隱球菌腦膜炎，隱球性腦膜炎是致死率很高的疾病。