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腦干脊索瘤主要依賴手術(shù)治療，該病對放療不敏感。此外，還可利用質(zhì)子刀、伽馬刀、射波刀、放療等輔助治療，即經(jīng)手術(shù)切除大部腫瘤后，邊緣處或死角處殘留的體積較小的腫瘤，可利用其它方式進行治療。手術(shù)為脊索瘤治療的根本，但較難做到組織學意義上真正的全切除，因此，常建議進行一些放療等輔助治療。腦干脊索瘤手術(shù)要求較高，難度較大。