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胃鏡檢查可以查出萎縮性胃炎，胃鏡及組織學檢查是萎縮性胃炎的主要診斷依據(jù)，僅依靠臨床表現(xiàn)不能確診。萎縮性胃炎在胃鏡下多表現(xiàn)為黏膜色澤變淡，皺襞變細而平坦，黏液減少，黏膜變薄，有時可透見黏膜血管紋。
悉尼胃炎新分類法和近年來慢性胃炎OLGA分期分級，均要求胃鏡檢查至少取五塊活檢，在組織學檢查中，萎縮性胃炎一般病變擴展至腺體深部，腺體破壞數(shù)量減少，固有層纖維化，根據(jù)是否伴有化生而分為非化生性萎縮及化生性萎縮，以胃角為中心，波及胃竇及胃體的多灶萎縮，發(fā)展成胃癌的風險增加。