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間質(zhì)瘤形成的原因，目前還不是特別清楚。通常認為間質(zhì)瘤的產(chǎn)生是環(huán)境因素和遺傳因素多種因素綜合作用的結(jié)果，在導致間質(zhì)瘤形成的過程中，遺傳因素往往具有重要的影響，首先患有間質(zhì)瘤家族史的人，發(fā)生間質(zhì)瘤的概率要明顯高于一般的人群，這也顯示了間質(zhì)瘤發(fā)病的遺傳特性。在間質(zhì)瘤的病人當中，可能會檢測到一些染色體異?；蛘呤嵌嗷虻淖儺?，這都是導致間質(zhì)瘤發(fā)生的一個基因?qū)W的基礎。
環(huán)境因素也可能會導致間質(zhì)瘤的發(fā)生概率增加，尤其是發(fā)生在胃腸道的間質(zhì)瘤，受到飲食因素的影響就會更加明顯。如果在日常生活中經(jīng)常食用霉變、腌制，或者熏烤類的食物，都可能增加間質(zhì)瘤的患病幾率，過多的攝入食用鹽，也可能增加胃間質(zhì)瘤的患病率。在經(jīng)過熏制的魚肉中，含有比較多的3,4-苯并芘成分，發(fā)霉的食物中會含有很多真菌毒素，腌制食物中會有亞硝酸鹽類，這些物質(zhì)都屬于具有致癌特性的化學物質(zhì)。