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目前研究表明房間隔缺損的不是單一病因，可能是多種病因，其中遺傳因素占15%，表現(xiàn)為染色體異位或者畸形，導(dǎo)致房間隔發(fā)育過程中的異常。更大一部分是環(huán)境因素導(dǎo)致，環(huán)境因素中又包括很多方面，包括宮內(nèi)感染。
如果孕婦在懷孕前3個月，也就是孕早期曾經(jīng)感染過病毒或者細菌，尤其是風(fēng)疹病毒、柯薩奇病毒，非常容易出現(xiàn)先天性心臟病。另外，孕婦在整個懷孕過程中有放射性接觸、營養(yǎng)不良或者胎兒存在宮內(nèi)缺氧，以及孕婦在整個懷孕過程中有些藥物接觸，孕婦本身高齡或者在孕早期時曾經(jīng)出現(xiàn)過先兆臨產(chǎn)的情況，容易出現(xiàn)先天性心臟病。
另外，發(fā)現(xiàn)地域的不同，患有先天性心臟病、房間隔缺損的概率也不一樣，高原地區(qū)更容易出現(xiàn)先天性心臟病、房間隔缺損。整體來說，能查出具體病因的房間隔缺損是極少數(shù)的，很多都是后期推測或者根本不能明確是哪種病因。