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肺性腦病通常是由于肺部的疾病導致高碳酸血癥，高碳酸血癥會導致不同程度的意識障礙，因此臨床診斷為肺性腦病，肺性腦病的癥狀如下：
1、意識障礙：突出的臨床癥狀是不同程度的意識障礙，依據二氧化碳潴留對大腦皮層抑制的程度，早期患者可能僅是嗜睡，到了一定程度可以出現昏迷，不同患者昏迷的嚴重程度不完全一樣。
2、球結膜充血、水腫：由于二氧化碳潴留，肺性腦病患者在意識障礙的同時，可能會伴有球結膜充血、水腫。球結膜充血、水腫通常是高碳酸血癥患者比較特征性的臨床改變，但僅有球結膜充血、水腫，沒有意識障礙，也不能診斷肺性腦病。
3、其他癥狀：由于肺性腦病是慢性肺部疾病導致通氣功能障礙、二氧化碳潴留引起，故慢性肺部疾病的其它臨床癥狀在肺性腦病患者中可能同樣存在，如缺氧導致的低氧血癥、呼吸困難。由于肺性腦病可能是肺部感染加重導致，肺性腦病患者可以出現兩肺散在或布滿不同程度的干濕性啰音。
總而言之，肺性腦病最突出的臨床癥狀是不同程度、不同類型的意識障礙，而導致意識障礙的主要原因是高碳酸血癥引起。