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沙眼衣原體陽性只能說明從檢測物中，發(fā)現(xiàn)了沙眼衣原體病原微生物，但是并不能提示是什么疾病，因為沙眼衣原體有多個血清型，不同的血清型可在人體引發(fā)不同器官的不同病變。
如果是眼睛感染了沙眼衣原體，就容易得急性沙眼，這是結(jié)膜組織的傳染性疾病，如果早期處理不當或者治療不及時，病情遷延不愈，容易發(fā)展成慢性沙眼，可以對眼表組織造成器官損害，并留下永久的后遺癥。
如果是泌尿生殖系統(tǒng)感染了沙眼衣原體，也容易引起相應的炎癥。生殖道感染沙眼衣原體容易引起肉芽腫性炎癥，泌尿系統(tǒng)感染了沙眼衣原體容易得非淋菌性尿道炎，主要是使用抗生素類藥物進行抗感染治療。